De officiële vlag van St Charles County is kastanjebruin en wit en heeft een prominente witte cirkel met een kastanjebruin kruis ertegen. De kastanjebruine kleur vertegenwoordigt standvastigheid, ijver en vurigheid. De witte kleur symboliseert zuiverheid, waarheid en geloof. Het prominente witte kruis staat symbool voor het erfgoed van de provincie en de invloed van de katholieke kerk in het gebied sinds de vroegste Franse nederzettingen.