Gedurende de roman beginnen Jim en zijn vrienden, waaronder Dr. Livesey en Squire Trelawney, aan een gevaarlijke reis om de schat te vinden in aanwezigheid van de bemanning van Silver. Het conflict wordt heviger naarmate ze met verschillende obstakels worden geconfronteerd, waaronder stormen, verraderlijk terrein en confrontaties met de piraten. De ultieme botsing vindt plaats wanneer de piraten muiten en proberen de controle over het schip over te nemen, wat leidt tot een climaxstrijd tussen Jim en zijn bondgenoten tegen Silver en zijn mannen.
In de kern wordt het conflict op 'Treasure Island' gedreven door het najagen van rijkdom en hebzucht, maar ook door de strijd om macht en controle. De motivaties en verlangens van de personages zorgen ervoor dat ze met elkaar in conflict komen, waardoor er spanning en spanning ontstaat naarmate het verhaal zich ontvouwt. Bovendien benadrukt het conflict het thema van goed versus kwaad, aangezien Jim en zijn vrienden eerlijkheid en loyaliteit vertegenwoordigen, terwijl Silver en zijn bemanning bedrog en verraad belichamen.