Aan het einde van Danny Phantom verslaat Danny zijn aartsvijand Vlad Plasmius en redt hij de wereld van zijn kwade plannen. Hij slaagt er ook in om zijn ouders uit de Ghost Zone te bevrijden, en ze worden herenigd als gezin. Danny en zijn vrienden kunnen terugkeren naar hun normale leven, maar ze zijn zich nu bewust van de wereld van geesten en de verantwoordelijkheden die daarmee gepaard gaan.
De serie eindigt met Danny en zijn vrienden die de zonsondergang tegemoet vliegen, klaar om alle uitdagingen aan te gaan die op hun pad komen.