In 1989 stapte Christian Brando voor de rechtbank in Los Angeles om te worden aangeklaagd voor moord. Hij werd berecht en veroordeeld voor het doodslaan van Dag Drollet in 1990 en werd veroordeeld tot 10 jaar gevangenisstraf. Drollet was het vriendje van Brando's halfzus Cheyenne.
Na de veroordeling wegens moord bleef Brando's leven neerwaarts gericht in drugsmisbruik en zelfvernietiging. Hij bleef gevangen zitten tot 1996, toen hij vervroegd werd vrijgelaten nadat hij minder dan de helft van een gevangenisstraf van tien jaar had uitgezeten.
In januari 2005 werd Brando opnieuw gearresteerd, dit keer omdat hij voor twee miljoen dollar aan sieraden van zijn eigen moeder zou hebben gestolen. De aanklachten tegen hem werden later afgewezen.
Eind 2006 werd Christian Brando in het ziekenhuis opgenomen nadat hij een longinfectie had opgelopen. Vervolgens werd bij hem een longontsteking vastgesteld en overgebracht naar het UCLA Medical Center in Los Angeles, Californië.
Christian Brando stierf op 26 januari 2008 in het UCLA Medical Center op 49-jarige leeftijd. De doodsoorzaak was longontsteking en complicaties als gevolg van leverfalen.
Brando's dood op 49-jarige leeftijd markeerde een droevig en tragisch einde aan een leven dat zo veel belofte en potentieel had kunnen bieden. In plaats daarvan was het een leven dat op tragische wijze werd afgebroken door verslaving en geweld.