Na de verdwijning van Alison een jaar eerder ontvangen de Pretty Little Liars anonieme berichten van iemand genaamd "A" die dreigt hun donkerste geheimen prijs te geven. Terwijl de meisjes proberen te achterhalen wie er achter deze berichten zit, ontdekken ze lang verborgen waarheden en worden ze geconfronteerd met gevaar dat hun leven bedreigt. Ze moeten samenwerken om het mysterie van de verdwijning van Alison te ontrafelen en de identiteit van ‘A’ te ontmaskeren voordat het te laat is.
In de loop van de show duiken de Liars dieper in de complexe geheimen en drama in hun eigen leven en hun relaties met hun respectievelijke liefdesbelangen, vrienden en familieleden. Door wendingen, wendingen en onverwachte allianties weeft 'Pretty Little Liars' een spannend web van mysterie, spanning en vriendschap terwijl de meisjes hun verleden onder ogen zien, hun sterke punten omarmen en de krachten confronteren die hen vanaf het begin hebben achtervolgd.