De ontsnapping van Sirius Zwarts: Het boek begint met het nieuws dat Sirius Zwarts, een gevaarlijke crimineel en Harry's peetvader, is ontsnapt uit de gevangenis van Azkaban. Het gerucht gaat dat Black achter Harry aan zit, wat een nieuw niveau van angst toevoegt aan de toch al stressvolle omgeving.
Nieuwe leraren en een mysterieuze gevangene: Er arriveren twee nieuwe leraren op Zweinstein:Remus Lupos, de leraar Verweer tegen de Zwarte Kunsten, en professor Zwamdrift, de leraar Waarzeggerij. Ondertussen wordt een mysterieuze gevangene, vermoedelijk Sirius Zwarts, vastgehouden in het kasteel.
De Patronus-bezwering: Harry leert de krachtige Patronusbezwering van Remus Lupos, die hem helpt de Dementors te verslaan, bewakers van Azkaban die zich aangetrokken voelen tot zijn verdriet en angst.
De waarheid over Sirius Zwarts: Door middel van verschillende aanwijzingen en ontmoetingen ontdekt Harry de waarheid over Sirius Zwarts. Hij werd valselijk beschuldigd van het verraden van Harry's ouders aan Heer Voldemort, en zijn echte missie was om Harry te beschermen.
De waarheid onder ogen zien: Harry moet de waarheid onder ogen zien over de dood van zijn ouders en de echte motieven van Sirius Zwarts, evenals het gevaar dat hij voor Harry vormt.
De tijdverdrijver: Hermelien gebruikt een Tijdverdrijver om terug in de tijd te gaan en Sirius Zwarts en Scheurbek te redden, een hippogrief die ten onrechte ter dood is veroordeeld. Dit leidt tot een reeks gebeurtenissen die de loop van het verhaal veranderen.
Geconfronteerd met de Dementors: Harry, Ron en Hermelien gaan de confrontatie aan met een groep Dementors en gebruiken de Patronusbezwering om zichzelf te verdedigen.
De echte dreiging: Het wordt onthuld dat Peter Pettigrew, van wie iedereen dacht dat hij dood was, daadwerkelijk leeft en vermomd leeft als Ron's rat, Schurfie. Pippeling is degene die Harry's ouders heeft verraden, niet Sirius Zwarts.
De finale: Nu de waarheid is onthuld en het echte gevaar aan het licht is gekomen, gaan Harry, Ron en Hermelien de confrontatie aan met Peter Pippeling, waarbij ze Sirius Zwarts redden. Het jaar eindigt met een gevoel van opluchting en hernieuwd begrip.
Belangrijkste thema's: Het boek onderzoekt thema's als verraad, vriendschap, gerechtigheid en de confrontatie met het verleden. Het introduceert ook nieuwe personages en magische wezens en breidt de magische wereld uit.