Onderzoeksmethoden maken gebruik van zowel etnografie als muzikale transcriptie en analyse en omvatten veldwerk en interviews met informanten. Sommige etnomusicologen voeren de muziek die ze bestuderen ook uit, terwijl anderen zich meer richten op analyse en interpretatie.
Veldwerk stelt etnomusicologen in staat zich onder te dompelen in de muziek en cultuur van de mensen die ze bestuderen, waardoor ze een diep inzicht krijgen in de rol die muziek in hun leven speelt.
Omdat culturen en muziekpraktijken voortdurend veranderen, verzamelen etnomusicologen vaak audio- en video-opnamen, transcriberen en analyseren ze muziekuitvoeringen, creëren ze muziekinstrumenten, componeren en arrangeren ze muziek, en documenteren ze de resultaten van hun onderzoek in boeken, artikelen en andere publicaties.