* Thomas en zijn vrienden Minho, Newt en Teresa ontsnappen eindelijk uit het gevreesde doolhof.
* Ze leren de waarheid over hun ware doel:dienen als proefpersonen in een wreed experiment uitgevoerd door WCKD, de organisatie die het doolhof heeft gecreëerd en gecontroleerd.
* Teresa onthult haar trouw aan WCKD, waardoor Thomas diepbedroefd achterblijft en zich afvraagt wie hij kan vertrouwen.
* De groep, nu vluchtelingen, begint aan een gevaarlijke reis door de Scorch, een verlaten en verraderlijke woestenij, op zoek naar de mythische Veilige Haven, een plek waar ze vrij kunnen zijn uit de klauwen van WCKD.
* Onderweg worden ze geconfronteerd met talloze uitdagingen, waaronder meedogenloze Cranks, hevige stormen en de altijd aanwezige dreiging van de Creators.
* Uiteindelijk bereiken ze Veilige Haven, maar ontdekken dat dit niet is waar ze op hadden gehoopt. Het is een tijdelijk toevluchtsoord, gecontroleerd door een andere factie die hen ook voor hun eigen doeleinden wil uitbuiten.
* Thomas, Minho en Newt ontdekken de waarheid over de Flare, de dodelijke ziekte die de wereld heeft geteisterd. Ze beseffen dat zij de sleutel tot het vinden van een geneesmiddel in handen hebben, dankzij hun unieke immuniteit.
* Met hernieuwde vastberadenheid besluiten ze de confrontatie aan te gaan met WCKD en voor eens en voor altijd een einde te maken aan hun schrikbewind. Ze beginnen aan een laatste missie, waarbij ze het hoofdkwartier van WCKD infiltreren om de geheimen van de organisatie bloot te leggen en degenen te bevrijden die gevangen hebben gezeten en waarmee is geëxperimenteerd.
* In een klimatologische strijd overwinnen Thomas en zijn vrienden talloze obstakels, worden ze geconfronteerd met hun diepste angsten en offeren ze alles op voor het grotere goed van de mensheid.
* Uiteindelijk slagen ze in hun missie:het neerhalen van WCKD en het verzekeren van een toekomst waarin mensen vrij kunnen leven uit de klauwen van manipulatie en onderdrukking.