Wetenschappelijke onderscheidingen:
* Copley-medaille (1874) :Toegekend door de Royal Society of London, een van de meest prestigieuze wetenschappelijke prijzen ter wereld, voor zijn werk op het gebied van fermentatie en de ziektekiemtheorie.
* Rumford-medaille (1874) :Toegekend door de Royal Society of London voor zijn onderzoek naar de polarisatie van licht en de toepassingen ervan.
* Albert-medaille (1881) :Toegekend door de Royal Society of Arts, voor zijn bijdragen aan de volksgezondheid en ziektepreventie.
* Ridder van het Legioen van Eer (1853) :Een prestigieuze Franse onderscheiding, toegekend aan personen die een belangrijke bijdrage hebben geleverd aan de natie.
* Grootkruis in het Legioen van Eer (1881) :De hoogste rang van het Legioen van Eer, als erkenning voor de uitzonderlijke prestaties van Pasteur.
* Lid van de Franse Academie van Wetenschappen (1862) :Een van de hoogste wetenschappelijke onderscheidingen in Frankrijk.
* Buitenlands lid van de Royal Society (1869) :Een eer als erkenning voor zijn bijdragen aan de wetenschap buiten Groot-Brittannië.
Andere prijzen:
* Prijs van de Franse Academie van Wetenschappen (1856) :Toegekend voor zijn werk op het gebied van fermentatie.
* Prijs van de Parijse Academie van Wetenschappen (1862) :Toegekend voor zijn werk op het gebied van de ziektekiemtheorie.
Naast deze specifieke prijzen ontving Pasteur gedurende zijn carrière ook tal van andere onderscheidingen en erkenningen, waarmee hij zijn nalatenschap als een van de meest invloedrijke wetenschappers van de 19e eeuw versterkte.