Televisie:
* Mannen die zich slecht gedragen (1992-1998): Deze sitcom bracht Clunes naar mainstream succes en speelde de charmant ongelukkige Gary.
* Doc Martin (2004-heden): Misschien wel de meest iconische rol van Clunes, die de norse maar sympathieke dokter speelt in het stadje Portwenn in Cornwall.
* Reggie Perrin (2007-2009): Een remake van de klassieke Britse sitcom "The Rise and Fall of Reggie Perrin".
* De grote ontsnapping (2003): Een tweedelige miniserie waarin Clunes Roger Bushell speelde.
* Jonathan Creek (2000-2016): Verscheen in verschillende afleveringen van deze mysterieserie als de beste vriend van het titulaire personage, Maddy's echtgenoot.
* De commandant (1998-2000): Speelde de hoofdrol van commandant Jack Harper, een Royal Naval-officier.
* Willem en Maria (2003-2010): Verscheen als een terugkerend personage, de zwager van het titulaire personage.
* Het paleis (2008): Speelde de rol van een lid van de koninklijke familie in deze satirische comedyserie.
* Mannenjacht (2019): Speelde DCI Colin Sutton in deze waargebeurde misdaadserie over de gevangenneming van Levi Bellfield.
* De neus van de koningin (2001): Uitte het karakter van de pratende hond, "Queen's Nose", in deze kinderserie.
Films:
* Hartslag (1992): Clunes speelde in de filmversie van de populaire ITV-serie.
* De meren (2000): Een romantische thriller waarin Clunes een man speelt die geobsedeerd is door een vrouw.
* De tijdmachine (2002): Speelde de rol van Alexander Hartdegen, een wetenschapper die naar de toekomst reist.
* De laatste detective (2003): Een detectivethriller gebaseerd op een reeks romans van auteur Michael Connelly.
* Drie en uit (2011): Een duistere komedie waarin Clunes een ouder wordende voetballer speelt.
* De legende van Barney Thomson (2015): Een zwarte komedie waarin Clunes een kapper speelt die per ongeluk een seriemoordenaar wordt.
* SuperBob (2015): Speelde een zachtaardige man die gedwongen wordt een superheld te worden.
Dit is geen uitputtende lijst, maar bevat enkele van zijn meest opmerkelijke en bekende projecten.