Er zijn 25 verschillende Natures in het spel, elk met zijn eigen positieve en negatieve effecten op specifieke statistieken. Een Pokémon met een Hardy Nature heeft bijvoorbeeld geen statistische aanpassingen, terwijl een Pokémon met een Jolly Nature een boost heeft aan zijn snelheid en een afname aan zijn speciale aanval.
Het begrijpen en beheren van Natures is van cruciaal belang bij het opbouwen van een effectief Pokémon-team, omdat ze van invloed kunnen zijn op de algehele sterke en zwakke punten van de Pokémon. Spelers kunnen Pokémon met specifieke naturen tegenkomen en rekruteren tijdens het verkennen van kerkers of door de Wonder Mail-functie te gebruiken om verbinding te maken met andere spelers.