Je kunt ze het beste beschouwen als twee verschillende aanpassingen van dezelfde manga.
* Fullmetal Alchemist (2003) is de eerste anime-aanpassing, die op een bepaald punt afwijkt van de manga.
* Fullmetal Alchemist:Brotherhood (2009) is een meer getrouwe bewerking van de hele manga, die een ander verhaal vertelt dan de versie uit 2003.
Je moet dus beginnen met *Fullmetal Alchemist:Brotherhood* uit aflevering 1.