* "Lock-On"-technologie: De cartridge had een speciale sleuf waarin andere Genesis-cartridges konden worden geplaatst. Wanneer een compatibel spel werd ingevoegd, analyseerde Sonic &Knuckles de gegevens van het spel en paste de gameplay aan.
* Specifieke spellen: Deze functie werkte alleen met een paar geselecteerde Genesis-spellen, met name:
* Sonic the Hedgehog 2: Deze combinatie ontgrendelde de legendarische "Knuckles the Echidna" als speelbaar personage.
* Sonic the Hedgehog 3: Deze combinatie bood een completere versie van het spel, inclusief alle niveaus van Knuckles en een aangepast einde.
* Sonic &Knuckles: Als je nog een exemplaar van Sonic &Knuckles hebt geplaatst, ontgrendel je een speciale "verborgen" modus genaamd "Sonic &Knuckles 3D Blast" dat was een andere spelstijl met niveaus met een 3D-perspectief.
* Incompatibele games: Als je een spel invoegde dat niet ontworpen was om "vergrendeld" te zijn, zou het ofwel niet laden, ofwel zou het spel normaal starten, maar Sonic &Knuckles zou er geen enkel effect op hebben.
Waarom dit speciaal was: Deze technologie was een unieke manier om uitgebreide inhoud en nieuwe gameplay-ervaringen aan te bieden. Het was een slimme manier om spelers aan te moedigen meerdere games te kopen en verschillende manieren van spelen te verkennen.