Dit is wat er gebeurt als je het Silph Co.-gebouw in die games voltooit:
* Je redt de ontvoerde Pokemon: De leider van Team Rocket, Giovanni, heeft Pokemon ontvoerd en gebruikt ze voor zijn eigen kwaadaardige plannen. Je moet je een weg banen door het gebouw om ze te redden.
* Je verslaat Giovanni: Uiteindelijk zul je het opnemen tegen Giovanni in een uitdagend gevecht. Als je wint, bevrijd je het gebouw en krijg je een speciaal item (Silph Scope), waarmee je met Ghost-type Pokémon kunt omgaan.
* Je draagt bij aan het verhaal: Het voltooien van het Silph Co.-gebouw is een belangrijke gebeurtenis die je helpt het verhaal verder te brengen en meer plannen van Team Rocket te ontdekken.
In Pokemon Gold en Silver ontbreekt het 'Silph Co. Building' . Er zijn totaal verschillende locaties en een andere verhaallijn met een nieuw gemene team, Team Rocket.