Wanneer een Wonder Card wordt gebruikt, wordt er een speciaal menu geopend waarin spelers het evenement of het mysteriegeschenk kunnen selecteren waartoe ze toegang willen hebben. Evenementen kunnen speciale Pokémon-distributies of uitdagingen omvatten, terwijl Mystery Gifts items, Pokémon of andere beloningen kunnen bevatten.
Om een Wonder Card te kunnen gebruiken, moeten spelers ervoor zorgen dat hun Nintendo DS is verbonden met internet of dat er een lokale draadloze verbinding tot stand is gebracht. Eenmaal verbonden, kunnen ze de Wonder Card uit hun inventaris selecteren en deze activeren om toegang te krijgen tot het bijbehorende evenement of Mystery Gift.
Het is vermeldenswaard dat Wonder Cards alleen gedurende een bepaalde periode en voor bepaalde evenementen of distributies beschikbaar waren. Sommige Wonder Cards zijn mogelijk verlopen of niet langer beschikbaar. Het is dus altijd een goed idee om de evenementdetails en beschikbaarheid te controleren voordat u probeert een specifieke Wonder Card te gebruiken.