* Rex Goodwin: De leider van de Dark Signers, en de belangrijkste antagonist van de serie.
* Devack: De eerste Dark Signer die verschijnt, en een voormalige vriend van Yusei Fudo.
* Romeinse Goodwin: Rex's broer, en de tweede Dark Signer die verschijnt.
* Kalinine: Een Russische Dark Signer die een donkere kaart gebruikt om anderen te manipuleren.
* Mistig: Een mysterieuze vrouw die verschijnt als de vijfde Dark Signer.
* Z-één: Een krachtig wezen uit de toekomst dat de gebeurtenissen van de serie orkestreert. Hij is technisch gezien geen Dark Signer, maar hij heeft een sterke band met hen.
* Antinomie: Een raadselachtige figuur die naast Z-one verschijnt en ook verbonden is met de Dark Signers.
Het is belangrijk op te merken dat hoewel de Dark Signers de belangrijkste antagonisten zijn, Z-one en Antinomy complexere personages zijn met hun eigen motivaties.