- Orkestmuziek:
- Brandenburgse concerten (1721)
- Orkestsuites (1720-1723)
- Vioolconcerten (1717-1723)
- Toetsenbordmuziek:
- Het Wohltemperierte Klavier (1722, 1744)
- Goldbergvariaties (1741)
- Franse suites (1722-1725)
- Uitvindingen en Sinfonia's (1723)
- Orgelmuziek:
- Toccata en Fuga in D Minor (ca. 1703-1707)
- Passacaglia en Fuga in C Minor (ca. 1708)
- Prelude en Fuga in G Major (ca. 1730-1735)
- Vocale muziek:
- Matthäus-Passion (1727)
- Johannes-Passion (1724)
- Magnificat (1723)
- Kerstoratorium (1734-1735)
- Andere werken:
- Das Musikalische Opfer (Het muzikale aanbod) (1747)
- De Kunst der Fuge (ca. 1749-1750)
- Cantates (meer dan 200)
- Massa's (6)