Het lied begint met Gerard die zingt over de kracht en veerkracht van zijn moeder, en beschrijft hoe ze hem en zijn broer Mikey in haar eentje opvoedde na de scheiding van hun ouders. Hij bedankt haar voor haar onvoorwaardelijke liefde en steun, en voor het feit dat ze hem heeft geleerd sterk en onafhankelijk te zijn.
Naarmate het lied vordert, vertelt Gerard over zijn gevoelens van verdriet en verlies na het overlijden van zijn moeder. Hij zingt over hoeveel hij haar mist en dat hij wenste dat hij meer tijd met haar had kunnen doorbrengen. Hij drukt ook zijn schuldgevoel uit omdat hij haar niet van haar ziekte heeft kunnen redden.
Ondanks de pijn en het verdriet viert het lied uiteindelijk het leven en de liefde van Donna Lee Way. Gerard zingt over hoe ze altijd in zijn hart zal zijn, en hoe haar geest hem door zijn leven zal blijven leiden.
De videoclip voor "Mama" bevat homevideo's en foto's van Gerard en Mikey met hun moeder, evenals beelden uit hun kindertijd. Het geeft een visuele weergave van de hechte band tussen Gerard en Donna, en het helpt de tekst van het lied tot leven te brengen.
Over het geheel genomen is "Mama" een krachtig en emotioneel nummer dat uitdrukking geeft aan de diepe liefde en bewondering die Gerard Way voor zijn moeder had. Het is een lied over verdriet, verlies en de blijvende kracht van liefde.