Het nummer begint met de regels:"Kijk naar de sterren, kijk hoe ze voor je schijnen / En alle dingen die je doet", wat een gevoel van verwondering en waardering voor de schoonheid van het leven suggereert. De stemming verandert echter snel in melancholisch als de zanger nadenkt over het verstrijken van de tijd:"De klok tikt, hij tikt weg / En de zon gaat onder, en de nacht komt eraan."
Het refrein drukt een verlangen uit naar het verleden en een verlangen om gekoesterde momenten vast te houden:"Ik heb het gevoel dat ik in brand sta, alles staat in brand / Wanna get up, wanna get out, wanna get home / Wherever that is." De zanger verlangt ernaar te ontsnappen aan de meedogenloze voortmars van de tijd en terug te keren naar een eenvoudiger, gelukkiger tijd.
Het tweede couplet onderzoekt het thema van het zoeken naar de betekenis van het leven:"Ik ben op zoek naar iets dat ik niet kan vinden / En ik houd me vast aan alles wat ik kan / Om de top van de berg te bereiken, bereik de top van de berg / En ik heb het gevoel dat ik verdrink in de zee." De zanger voelt zich verloren en stuurloos, wanhopig op zoek naar houvast in een wereld die overweldigend en onzeker lijkt.
De brug biedt een sprankje hoop, waarbij de zanger de wens uitdrukt om contact te maken met anderen en troost te vinden in hun aanwezigheid:"Ik wil je hier, ik wil je dichtbij / ik wil nu mijn armen om je heen slaan." Dit suggereert een verlangen naar menselijke verbinding en de behoefte aan steun en kameraadschap in het licht van de uitdagingen van het leven.
Het nummer eindigt met een herhaald refrein van "Kijk naar de sterren, kijk hoe ze voor jou schijnen", in navolging van de openingsregels, maar met een hernieuwd gevoel van acceptatie en begrip. De zanger lijkt het verstrijken van de tijd en de vergankelijkheid van het leven te hebben geaccepteerd en troost te vinden in de schoonheid van de nachtelijke hemel en de blijvende aanwezigheid van de sterren.
Over het geheel genomen is "Clocks" een aangrijpend en reflecterend lied over de universele menselijke ervaringen van verlies, verlangen en de zoektocht naar zin in het leven. Het vangt de bitterzoetheid van het bestaan, erkent de pijn en spijt van het verstrijken van de tijd en viert tegelijkertijd de schoonheid en het wonder van de reis van het leven.