Het vroegste bewijs van Carnatische muziek is te vinden in de muzikale tradities van het oude Tamil-volk. De oude Tamils ontwikkelden een muzieksysteem genaamd Tamizh Isai, gebaseerd op de zevennotentoonladder (Saptha Swaras) en gebruikten verschillende muziekinstrumenten, waaronder de yazh (een snaarinstrument) en de kudam (een percussie-instrument). Tamizh Isai werd gebruikt voor religieuze ceremonies en culturele optredens.
Carnatische muziek ontwikkelde zich later onder invloed van de hindoereligie en de bescherming van de heersende dynastieën van Zuid-India. In de 14e eeuw ontstond het Vijayanagara-rijk als een machtig koninkrijk in Zuid-India en werd het een belangrijk centrum voor de ontwikkeling van Carnatische muziek. De Vijayanagara-heersers waren grote beschermheren van muziek en dans, en zij stimuleerden de groei van muziekscholen en -instellingen. Ze gaven ook opdracht voor de compositie van veel nieuwe muziekwerken, waaronder kritis, swara's en jathis.
Tijdens de 17e en 18e eeuw bloeide Carnatische muziek onder de heerschappij van het Maratha-rijk en het Mysore-koninkrijk. De Maratha-heersers waren grote kenners van muziek en dans, en zij moedigden de groei van Carnatische muziek aan hun hoven aan. De Mysore-heerser Krishnaraja Wodeyar III was een groot beschermheer van muziek en dans, en hij gaf opdracht tot het componeren van vele nieuwe muziekwerken.
In de 19e eeuw kwam Carnatische muziek door de Britse kolonisatie van India in contact met westerse muziek. Sommige Carnatische muzikanten begonnen westerse elementen in hun muziek op te nemen, zoals het gebruik van piano en viool. De Carnatische muziek behield echter haar traditionele karakter en bleef gebaseerd op de zevennotentoonladder en het gebruik van raga's en tala's.
Tegenwoordig is Carnatische muziek een bloeiende kunstvorm en wordt uitgevoerd door muzikanten over de hele wereld. Het wordt beschouwd als een van de meest geavanceerde en complexe muzieksystemen ter wereld, en wordt bewonderd om zijn schoonheid, zijn emotionele diepgang en zijn spirituele betekenis.