De tekst van het lied is gebaseerd op beelden die verband houden met wetenschap en experimenten. De hoofdpersoon in het lied wordt afgebeeld als een ‘wetenschapper’ die experimenten uitvoert en observaties doet in een poging de wereld om hen heen te begrijpen. Ze denken na over vragen over de aard van het bestaan, de oorsprong van het leven en het doel van het universum.
Door het hele nummer heen benadrukt Coldplay het belang van doorzettingsvermogen en veerkracht bij het nastreven van kennis. De teksten suggereren dat het zelfs als je met tegenslagen en mislukkingen wordt geconfronteerd, van cruciaal belang is om te blijven zoeken naar antwoorden en nooit het doel van het begrijpen van het universum uit het oog te verliezen.
'Wetenschapper' drukt ook een gevoel van verwondering en ontzag uit over de schoonheid en complexiteit van de natuurlijke wereld. De hoofdpersoon verwondert zich over de uitgestrektheid van het universum, de ingewikkelde details van het leven en de mysteries die onopgelost blijven. Het lied moedigt luisteraars aan om de wonderen van de wereld te waarderen en inspiratie te vinden bij het nastreven van wetenschappelijke kennis.
In wezen viert 'Scientist' van Coldplay het menselijke verlangen naar begrip en moedigt het ons aan om de wereld te verkennen met een gevoel van nieuwsgierigheid en verwondering. Het dient als een herinnering aan het belang van wetenschap en het nastreven van kennis bij het vormgeven van ons begrip van het universum en onze plaats daarin.