Door het hele verhaal heen komt Dante verschillende uitdagingen en obstakels tegen die menselijke strijd, zonden en deugden symboliseren. Terwijl hij afdaalt naar de diepten van de hel, is hij getuige van de bestraffing van zielen die verschillende overtredingen hebben begaan, van wellustig en vraatzuchtig tot frauduleus en verraderlijk. Deze ontmoetingen confronteren Dante met morele dilemma's en dwingen hem na te denken over zijn eigen daden en tekortkomingen.
In het vagevuur ondergaat Dante een zuiveringsproces terwijl hij de berg naar het Paradijs beklimt. Hier ontmoet hij zielen die zich bekeren van hun zonden en streven naar verlossing. Dit rijk weerspiegelt Dante's verlangen naar spirituele groei en transformatie terwijl hij probeert zijn menselijke zwakheden te overwinnen en op te stijgen naar goddelijke genade.
Uiteindelijk bereikt het conflict zijn hoogtepunt in het Paradijs, waar Dante de Zalige Visie ontmoet en de directe aanwezigheid van God en goddelijke verlichting ervaart. Het symboliseert de oplossing van zijn conflict en de transcendentie van wereldse strijd en beperkingen.
Op bredere schaal houdt de Goddelijke Komedie zich ook bezig met theologische en filosofische vragen die verband houden met goddelijke gerechtigheid, verlossing, vrije wil en de aard van zonde en deugd. Deze conflicten weerspiegelen Dante's eigen verkenning van de menselijke natuur, moraliteit en de complexe relatie tussen de mensheid en het goddelijke.