Niles 'gevoelens voor Daphne zijn een grote rennende prop in de show, en hij doet vaak onhandige pogingen om haar na te jagen, met gemengde resultaten. Hij vertelt haar echter nooit echt dat hij van haar houdt. Het dichtst bij hem komt in de aflevering "The Ski Lodge", waar hij bijna bekent maar wordt onderbroken.
Hoewel er geen duidelijke aflevering is waarin Niles zijn liefde verklaart, toont de laatste aflevering van de serie 'Goodnight, Seattle' een belangrijke stap in hun relatie, omdat ze eindelijk beginnen met daten.