Matilda wordt ook geconfronteerd met het probleem van de omgang met de tirannieke directrice van haar school, juffrouw Bulstronk, wier harde en onderdrukkende methoden een vijandige omgeving voor de leerlingen creëren. Matilda is vastbesloten om tegen haar in opstand te komen, waarbij ze haar buitengewone mentale krachten, waaronder telekinese, gebruikt om de wreedheid en incompetentie van juffrouw Bulstronk bloot te leggen en positieve veranderingen in de school teweeg te brengen.
Een ander probleem waarmee ze wordt geconfronteerd, is het verkrijgen van gerechtigheid voor juffrouw Engel, een goedhartige lerares die slecht is behandeld door juffrouw Bulstronk. Matilda's pogingen om juffrouw Honing te helpen leidden uiteindelijk tot de verwijdering van juffrouw Bulstronk en een gelukkiger milieu voor de leerlingen op school.