* Spelversie: Verschillende games hebben verschillende bazen en moeilijkheidsgraden.
* Vaardigheidsniveau van de speler: Een ervaren speler zal sommige bazen gemakkelijker vinden dan andere, ongeacht de algemene moeilijkheidsgraad.
* Teamsamenstelling: De sterke en zwakke punten van je Pokemon-team zullen een drastische invloed hebben op hoe je het doet tegen bepaalde bazen.
Sommige bazen worden echter consequent genoemd als bijzonder moeilijke uitdagingen:
Uit de hoofdserie (Rood, Blauw, Rescue Team, etc.):
* Darkrai (Super Mystery Dungeon): Darkrai staat bekend om zijn krachtige duistere aanvallen en zijn vermogen om het slagveld te manipuleren en is een formidabele uitdaging.
* Groudon/Kyogre (Verkenners van de tijd/duisternis/lucht): Deze legendarische Pokemon zijn krachtig in hun respectievelijke typen en kunnen overweldigend zijn voor onvoorbereide teams.
* Mewtwo (Poorten naar het oneindige): Mewtwo is een krachtige Pokémon van het psychische type, bekend om zijn hoge aanvalskracht en het vermogen om een breed scala aan bewegingen te leren.
* Rayquaza (Super Mystery Dungeon): Rayquaza is een krachtig draken-/vliegtype met hoge statistieken en toegang tot schadelijke bewegingen en is zelfs voor ervaren spelers een lastige tegenstander.
* Giratina (Super Mystery Dungeon): Deze legendarische Pokemon staat bekend om zijn hoge statistieken en toegang tot schadelijke bewegingen, waardoor het voor veel spelers een uitdaging is.
Van de spin-off games (Mystery Dungeon:Rescue Team DX, enz.):
* De Grote Koning (reddingsteam DX): Deze baas is een gigantisch, veelkoppig beest met krachtige aanvallen en een enorme gezondheidspool, waardoor het een echte test van uithoudingsvermogen is.
* De duisternis (reddingsteam DX): Dit mysterieuze, schimmige wezen is een geduchte tegenstander die het begrip van de speler van de spelmechanismen op de proef stelt en een goed voorbereid team vereist.
Uiteindelijk zal de moeilijkste baas voor jou afhangen van je individuele ervaring en speelstijl. De hierboven genoemde bazen worden echter over het algemeen beschouwd als de zwaarste in de serie en bieden zelfs voor ervaren Pokemon Mystery Dungeon-spelers een echte uitdaging.