- Terwijl Mystery Inc. geruchten onderzoekt over vreemde gebeurtenissen in een griezelig museum vol artefacten uit hun avonturen uit het verleden, wordt het al snel steeds duidelijker dat een oude tegenstander onder de schaduw op de loer ligt op zoek naar hun vernietiging:meneer E, ontmaskerd!
- De poppenspeler-meester achter deze gebeurtenissen is uit zijn ballingschap opgedoken met één plan:om eindelijk Fred, Velma, Shaggy, Daphne en hun trouwe pup Scoobert Doo voor eens en voor altijd af te maken! Deze confrontatie zal beide partijen dwingen de grenzen van hun intellect en hun hart te verleggen.
- Zal Team Mystery Inc., geconfronteerd met onoverkomelijke problemen nu de dreiging dichterbij komt, als overwinnaar tevoorschijn komen om deze seizoenlange boog tot een spannend einde te brengen? Alleen de tijd zal het leren, want oude geesten keren terug in Scooby Doo:Mystery Incorporated!