Hoewel er geruchten en fandiscussies zijn geweest over een mogelijk vervolg, is er niets bevestigd of ontwikkeld. Het unieke uitgangspunt en het einde van de film laten weinig ruimte voor een traditioneel vervolgverhaal, waardoor een vervolg een moeilijk vooruitzicht wordt.
De regisseur van de film, Spike Jonze, en scenarioschrijver, Charlie Kaufman, zijn echter allebei doorgegaan met het creëren van andere succesvolle en veelgeprezen projecten, waaronder:
* Spike Jonze: "Aanpassing", "Haar", "Waar de wilde dingen zijn"
* Charlie Kaufman: 'Eeuwige zonneschijn van de vlekkeloze geest', 'Synecdoche, New York', 'Anomalisa'
Hoewel een vervolg op 'Being John Malkovich' misschien niet in de maak is, blijven zowel Jonze als Kaufman tot nadenken stemmende en originele films maken die de menselijke conditie op unieke en fantasierijke manieren onderzoeken.