Enhancers:Dit zijn DNA-sequenties die transcriptiefactoren binden en de transcriptie van nabijgelegen genen bevorderen. De versterker in de locus van de zware keten van immunoglobuline is bijvoorbeeld verantwoordelijk voor het hoge expressieniveau van deze genen in B-cellen.
Promoters:Dit zijn DNA-sequenties die RNA-polymerase binden en de transcriptie van genen initiëren. De promoter in het gen voor menselijk groeihormoon is bijvoorbeeld verantwoordelijk voor de expressie van dit gen in de hypofyse.
Geluiddempers:Dit zijn DNA-sequenties die transcriptiefactoren binden en de transcriptie van nabijgelegen genen onderdrukken. De demper in het menselijke β-globine-gen is bijvoorbeeld verantwoordelijk voor de repressie van dit gen in niet-erytroïde cellen.
Transacterende sequenties:
Transcriptiefactoren:Dit zijn eiwitten die binden aan cis-werkende sequenties en de transcriptie van genen reguleren. De transcriptiefactor Oct-1 bindt bijvoorbeeld aan het octameermotief in de versterker van de zware keten van immunoglobuline en bevordert de transcriptie van deze genen in B-cellen.
RNA-polymerase:Dit is een eiwitcomplex dat zich aan promoters bindt en genen in RNA transcribeert.
Andere regulerende eiwitten:Dit zijn eiwitten die binden aan cis-werkende sequenties en de transcriptie van genen op verschillende manieren reguleren. Het eiwit CTCF bindt bijvoorbeeld aan het CCCTC-motief in het menselijke β-globinegen en helpt bij het organiseren van de chromatinestructuur van dit gebied, wat nodig is voor de repressie van het gen in niet-erytroïde cellen.