In de roman is de Phantom een misvormde man die een masker draagt om zijn gezicht te verbergen. Hij woont in de catacomben onder het operagebouw en gebruikt zijn muzikale genialiteit om de operazangers en toneelknechten te besturen. The Phantom wordt verliefd op een jonge sopraan genaamd Christine Daaé en raakt geobsedeerd door haar. Hij ontvoert haar en neemt haar mee naar zijn hol in de catacomben. Christine ontsnapt uiteindelijk uit de Phantom, die in de nacht verdwijnt.
Het lot van de Phantom blijft in de roman dubbelzinnig. In de originele Franse versie van de roman zou de Phantom zichzelf hebben opgehangen in de catacomben. In de Engelse vertaling zou de Phantom echter in de riolen van Parijs zijn verdwenen.