Het conflict van het verhaal benadrukt emoties, wraak en de wisselwerking tussen maatschappelijke vooroordelen en innerlijke strijd in plaats van de interactie tussen mens en natuur te onderzoeken. Omdat de meeste gebeurtenissen plaatsvinden binnen de grenzen van het Palais Garnier, worden de natuurlijke elementen bovendien niet bijzonder benadrukt in deze verhaallijn. Daarom is er geen conflict tussen de mensheid en de natuur dat het verhaal in “The Phantom of the Opera” aandrijft.