Er zijn echter enkele complexiteiten:
* Verloren werken: Veel van zijn werken zijn door de tijd verloren gegaan, vernietigd of nog steeds onontdekt.
* Samenwerkingen: Van Eyck werkte waarschijnlijk samen met zijn atelier, dus sommige aan hem toegeschreven schilderijen zouden door assistenten kunnen zijn uitgevoerd.
* Toeschrijvingen: Over sommige werken wordt onder kunsthistorici gedebatteerd of ze uitsluitend door Van Eyck zijn geschilderd of gedeeltelijk door zijn atelier.
Dus hoewel we een redelijk beeld hebben van zijn overgebleven werk, blijft het werkelijke aantal schilderijen dat hij maakte een mysterie.