1. Oversimplificatie van complexe historische kwesties :Sommige historici beweren dat de documentaire bepaalde complexe historische gebeurtenissen op een vereenvoudigde of zelfs geromantiseerde manier presenteerde, zonder hun nuances en complexiteiten volledig te onderzoeken. Zo werd de voorstelling van de oorlog als een regelrecht moreel conflict tussen het heroïsche Noorden en het gemene Zuiden door sommigen betwist omdat factoren als staatsrechten en economische belangen die beide partijen beïnvloedden, werden verwaarloosd.
2. Gebrek aan diverse perspectieven Critici wezen erop dat de documentaire zich voornamelijk concentreerde op de ervaringen van blanke individuen en leiders, en minder aandacht schonk aan de ervaringen en bijdragen van Afro-Amerikanen, vrouwen, indianen en andere gemarginaliseerde groepen tijdens de oorlog. Sommige historici voerden aan dat een meer inclusief verhaal een rijker en uitgebreider begrip van het conflict had kunnen opleveren.
3. Onvoldoende contextualisering :Hoewel de documentaire een gedetailleerd verslag gaf van de militaire gebeurtenissen, waren sommige historici van mening dat deze meer context had kunnen bieden over de sociale, politieke en economische krachten die tot de oorlog hebben geleid. Ze voerden aan dat kijkers een dieper inzicht in de oorzaken van het conflict hadden kunnen krijgen als deze bredere historische factoren dieper waren onderzocht.
4. Gebrek aan aandacht voor klassenverschillen :Sommige critici waren van mening dat de documentaire de klassenverschillen en ongelijkheden binnen zowel de noordelijke als de zuidelijke samenlevingen niet adequaat aanpakte. Ze voerden aan dat het benadrukken van deze verschillen een genuanceerder analyse van de sociale dynamiek tijdens de oorlogsperiode had kunnen opleveren.
5. Beperkte discussie over de nasleep van de oorlog :Hoewel de documentaire de belangrijkste gebeurtenissen uit de burgeroorlog besloeg, werd er relatief minder aandacht besteed aan het tijdperk van de wederopbouw en de impact ervan op de daaropvolgende ontwikkeling van de Verenigde Staten. Sommige historici voerden aan dat een grondiger onderzoek van deze periode licht had kunnen werpen op de blijvende erfenis van de oorlog.
Het is vermeldenswaard dat deze kritiek slechts een beperkt perspectief vormt, en dat veel andere historici en wetenschappers 'De Burgeroorlog' hebben geprezen vanwege zijn bijdrage aan historisch begrip, het vertellen van verhalen en publieke betrokkenheid. De documentaire blijft een van de meest invloedrijke en hoog aangeschreven historische documentaires ooit geproduceerd.