Ze verlaat de groep aan het einde van de Johto-saga (rond het einde van de Pokemon Gold- en Silver-anime) en verschijnt pas weer aan het begin van de Sinnoh-saga (rond het begin van de Pokemon Diamond- en Pearl-anime).
Hoewel er een paar voorbeelden zijn waarin Misty in de Hoenn-anime verschijnt in flashbacks of vermeldingen, bezoekt ze de regio in de hoofdverhaallijn nooit fysiek.