Séguy werd geboren in Toulon, Frankrijk, op 1 juli 1877. Hij toonde op jonge leeftijd een passie voor natuurlijke historie en begon op 12-jarige leeftijd met het verzamelen van insecten. Hij studeerde geneeskunde aan de Universiteit van Montpellier en studeerde af in 1902.
Séguy begon zijn carrière als militair arts, maar wijdde zich al snel aan de entomologie. Hij werkte van 1906 tot zijn pensionering in 1942 bij het Muséum national d'histoire naturelle in Parijs. Tijdens zijn tijd bij het museum was hij curator van de collectie van Diptera en publiceerde hij talloze wetenschappelijke artikelen en boeken over dit onderwerp.
Séguy's belangrijkste onderzoeksgebied was de familie Muscidae, en hij werd een wereldexpert op het gebied van deze groep. Hij beschreef meer dan 1.000 nieuwe soorten Muscidae en publiceerde verschillende monografieën en catalogi over de familie. Hij werkte ook aan andere families van Diptera, waaronder Tephritidae, Conopidae en Cecidomyiidae.
Naast zijn wetenschappelijk werk was Séguy ook een actief lid van verschillende wetenschappelijke verenigingen, waaronder de Société entomologique de France en de Royal Entomological Society of London. Hij ontving in 1939 de Linnean Medal van de Linnean Society of London en in 1949 de Prix Constant van de Académie des Sciences in Parijs.
Séguy stierf in Parijs op 23 oktober 1951, op 74-jarige leeftijd. Hij was een productief entomoloog die belangrijke bijdragen leverde aan de studie van Diptera, en zijn werk wordt nog steeds veel aangehaald door wetenschappers.