De exacte oorzaak van zijn dood is onbekend, maar er wordt aangenomen dat het een hartaanval is geweest Vanwege de barre omstandigheden was hij doorstaan. Hij werd dood gevonden in de buurt van zijn tent en zijn lichaam werd begraven onder een sneeuwdrift.
Het is belangrijk op te merken dat Wegener's theorie van continentale drift, die hij in 1912 voorstelde, tijdens zijn leven niet algemeen werd aanvaard. Hij stierf een relatief onbekende wetenschapper, maar zijn baanbrekende theorie werd uiteindelijk gebleken en hij wordt nu beschouwd als een van de belangrijkste figuren in de geschiedenis van de geologie.