Een van de meest voor de hand liggende kenmerken van het stuk dat vragen oproept over religieuze tolerantie is de uitbeelding van Shylock, de joodse geldschieter. Shylock wordt afgebeeld als een wrede en hebzuchtige man die geobsedeerd is door geld en wraak zoekt op Antonio, een christelijke koopman die hem onrecht heeft aangedaan. Hij belichaamt veel van de negatieve stereotypen die in de tijd van Shakespeare over Joden heersten, en zijn karakter wordt vaak als antisemitisch geïnterpreteerd.
Aan de andere kant zijn er momenten in het stuk die deze stereotypen uitdagen en het idee van religieuze vooroordelen problematiseren. Antonio zelf worstelt bijvoorbeeld met zijn eigen vooroordelen tegen joden, en zijn behandeling van Shylock getuigt van een mengeling van zowel minachting als sympathie. Portia, de heldin van het stuk, pleit voor het belang van genade en vergeving, en uiteindelijk haalt ze Shylock over om genade te tonen aan Antonio. Deze scène is door veel critici gelezen als een oproep tot tolerantie en begrip.
Een ander perspectief op het standpunt van het stuk over religieuze tolerantie is dat het eenvoudigweg de sociale en culturele realiteit van Shakespeares tijd weerspiegelt. Antisemitisme was diep verankerd in de christelijke samenleving van Europa, en het zou voor Shakespeare moeilijk zijn geweest om een toleranter standpunt naar voren te brengen zonder censuur te riskeren of zijn publiek van zich te vervreemden. Het stuk kan dus worden gezien als een product van zijn tijd in plaats van als een weerspiegeling van Shakespeares eigen overtuigingen.
Over het geheel genomen is The Merchant of Venice een complex en genuanceerd stuk dat meerdere perspectieven biedt op religieuze tolerantie en vooroordelen. Hoewel het enkele antisemitische elementen bevat, presenteert het ook momenten van medeleven en begrip die het lezen van de boodschap van het stuk bemoeilijken. Uiteindelijk nodigt het stuk het publiek uit om na te denken over de complexiteit van religieuze verschillen en om hun eigen vooroordelen kritisch te onderzoeken.