Hij werd geboren in Davao City, Davao, Filippijnse eilanden, en was getrouwd met Mercedes Cacho. Hij was de vader van de voormalige burgemeester van Davao City, Sara Duterte, vice-presidentiële dochter Inday Sara Duterte-Carpio, en voormalig congreslid van het 3e district van Davao, Paolo "Pulong" Duterte.
Alvarez, een veteraan op het gebied van de politiek in Davao City, ging voor het eerst de politiek in in 1965, toen hij werd verkozen tot vice-burgemeester van de stad. Zijn ambtstermijn als burgemeester werd gekenmerkt door een campagne tegen moslimrebellen in het gebied en een agressief economisch ontwikkelingsprogramma. Hij steunde ook het presidentschap van Ferdinand Marcos.
Tijdens de staat van beleg werd Alvarez in 1978 gekozen tot vertegenwoordiger van het 3e district van Davao. Hij werd herkozen in 1980 en 1984. Hij was een integraal onderdeel van Marcos 'machinerie en een bondgenoot van de overleden president.
Toen Marcos tijdens de People Power Revolution in 1986 werd omvergeworpen, wisselde Alvarez van kant en sloot zich aan bij de regering van president Corazon Aquino. Vervolgens werd hij benoemd tot minister van Nationale Defensie.
In 1987 werd hij aangesteld als beheerder van de Philippine Coconut Authority. Hij diende tot 1990.