Het einde is opzettelijk dubbelzinnig gelaten, waardoor verschillende interpretaties mogelijk zijn. Dit is wat we weten:
* Pan is gewond: Tijdens de laatste confrontatie wordt Pan neergeschoten door de fascistische kapitein. Hij stort in en lijkt dodelijk gewond te zijn.
* Ofelia's reis: Ofelia heeft tijdens haar reis door het labyrint haar doorgang naar de onderwereld verdiend. Dit suggereert dat ze zich mogelijk bij Pan voegt in het hiernamaals.
* De slotscène: Terwijl Ofelia door het portaal naar de onderwereld loopt, wordt Pan niet gezien. Dit leidt tot de mogelijkheid dat hij dood is of gewoon niet wordt getoond.
Interpretaties:
* Dood van Pan: Sommige kijkers geloven dat Pan stierf aan zijn verwondingen en dat Ofelia zich bij hem voegt in de onderwereld.
* Pan's overleving: Anderen beweren dat Pan het misschien heeft overleefd en op Ofelia wacht in de onderwereld, of dat hij gewoon een wezen uit het labyrint is en dat zijn fysieke vorm niet zo belangrijk is.
* Symbolische betekenis: De dubbelzinnigheid van Pan's lot is waarschijnlijk opzettelijk en vertegenwoordigt de kracht van de verbeelding en de vervaging van realiteit en fantasie.
Uiteindelijk is de betekenis van het einde aan de kijker om te beslissen. De film laat een krachtige vraag onbeantwoord:is Pan gestorven, of leefde hij voort in het rijk van dromen en verbeelding?