Het verhaal begint in Oz tijdens de gebeurtenissen in de film The Wizard of Oz uit 1939 en introduceert twee jonge vrouwen die niet méér van elkaar kunnen verschillen. Elphaba, de toekomstige Boze Heks van het Westen, is een eigenzinnig en onbegrepen meisje dat geboren is met een smaragdgroene huid. Galinda, de toekomstige Goede Heks van het Noorden, is een mooie en populaire blondine die altijd alles heeft gekregen wat ze ooit wilde.
Ondanks hun meningsverschillen worden Elphaba en Galinda vrienden op de Shiz Universiteit, een magische academie waar ze magie studeren. Hun vriendschap wordt echter op de proef gesteld wanneer Elphaba ervan wordt beschuldigd een spion te zijn voor de kwaadaardige Tovenaar van Oz. Galinda kiest de kant van de tovenaar en Elphaba wordt gedwongen de universiteit te ontvluchten.
Elphaba gaat op reis om haar ware identiteit en lot te ontdekken, en onderweg ontmoet ze verschillende interessante personages, waaronder de Tin Man, de Scarecrow en de Laffe Leeuw. Ze komt ook oog in oog te staan met de Tovenaar van Oz, die een machtige maar corrupte man blijkt te zijn.
Uiteindelijk moet Elphaba beslissen of ze haar krachten ten goede of ten kwade zal gebruiken. Ze kiest er uiteindelijk voor om haar krachten te gebruiken om de mensen van Oz te helpen, en ze wordt een geliefd figuur in de geschiedenis van Oz.
Thema's
Wicked onderzoekt verschillende thema's, waaronder goed versus kwaad, de aard van vriendschap en het belang van zelfacceptatie. De show daagt ook traditionele ideeën over heldendom en schurkenstaten uit, en suggereert dat er vaak meer aan de hand is dan wat op het eerste gezicht lijkt.