In Pokémon Crystal reis je op verschillende manieren tussen steden en dorpen:
* Wandelen: De meest gebruikelijke methode, vooral in het begin van het spel.
* Fietsen: Beschikbaar zodra je een fiets aanschaft van de Cycling Road in Goldenrod City.
* Boot: Reisde vroeger tussen bepaalde steden, zoals van New Bark Town naar Violet City.
* Trein: Reisde naar bepaalde steden, zoals van Goldenrod City naar Ecruteak City. U koopt treinkaartjes om mee te rijden, maar er is geen speciale "treinpas".
De game heeft geen railpass-systeem zoals sommige latere Pokemon-games, zoals Pokemon Diamond, Pearl en Platinum.