Het verhaal richt zich op Ru's reis van zelfontdekking en haar offer om de prins te redden, Fakir, van wie ze houdt. Ze kiest er uiteindelijk voor om te leven als de "Princess Tutu" -persoon, een krachtige en onbaatzuchtige entiteit, in plaats van een romantische relatie na te streven.
Hoewel er een sterke romantische onderstroom is tussen RU en Fakir, concludeert het verhaal dat ze niet in traditionele romantische zin bij elkaar eindigen. Dit laat ruimte voor interpretatie met betrekking tot de aard van hun relatie en de mogelijkheid dat hun band zich in de toekomst evolueert.