Hij heeft echter verschillende bijna-doodervaringen meegemaakt en is gedood in alternatieve tijdlijnen en verhaallijnen :
* De Kloon-saga (1994-1996): In deze beruchte verhaallijn stierf Spider-Man schijnbaar en werd hij vervangen door een kloon, hoewel uiteindelijk bleek dat dit bedrog was.
* "Nog één dag" (2007): In dit verhaal sluit Spider-Man een deal met Mephisto om het leven van tante May te redden, maar ten koste van het uitwissen van zijn huwelijk met Mary Jane Watson.
* "De dood van Spider-Man" (2004): Dit was een aparte continuïteit, buiten het belangrijkste Marvel-universum, waar Spider-Man werd gedood door de Green Goblin.
* "Spider-Man:Reign" (2007): In deze toekomstige tijdlijn stierf een oudere, afgematte Spider-Man na een laatste gevecht met de Green Goblin.
Het is belangrijk op te merken dat dit specifieke gevallen zijn en niet van toepassing zijn op het belangrijkste Marvel-universum. Hoewel Spider-Man met veel uitdagingen en tragedies te maken heeft gehad, blijft hij een iconische held in het Marvel-universum.