Er zijn echter verschillende gevallen geweest waarin men dacht dat hij dood was , inclusief:
* De verhaallijn "Death of Spider-Man" (1992-1993): In deze beruchte verhaallijn werd Spider-Man schijnbaar gedood door de Green Goblin. Later werd echter onthuld dat de Goblin daadwerkelijk een kloon van Spider-Man had gedood en dat de echte Peter Parker nog leefde.
* De verhaallijn "One More Day" (2007): In deze verhaallijn sloot Spider-Man een deal met de duivel Mephisto om het leven van tante May te redden. Als gevolg hiervan werd zijn huwelijk met Mary Jane Watson uit het bestaan gewist en werd Spider-Man schijnbaar alleen en zonder gezin achtergelaten.
Hoewel deze gebeurtenissen belangrijke keerpunten in het leven van Spider-Man waren, overleefde hij het uiteindelijk en zette hij zijn avonturen voort.
Het is belangrijk op te merken dat er alternatieve realiteiten en universums zijn geweest in Marvel Comics waarin Spider-Man is overleden, maar deze gebeurtenissen zijn niet van toepassing op de hoofdcontinuïteit.