Murder on the Orient Express duikt in het thema identiteit en de complexiteit ervan. De roman presenteert verschillende personages met verschillende achtergronden, culturen en agenda's, die elk een verborgen identiteit verbergen of geheimen met zich meedragen. Poirot, de detective, moet verder kijken dan de oppervlakte om de ware karakters en motivaties van de passagiers te achterhalen.
Het thema gerechtigheid speelt ook een belangrijke rol in het verhaal. Poirot probeert niet alleen de misdaad op te lossen, maar ook om ervoor te zorgen dat gerechtigheid wordt gediend. De passagiers worden geconfronteerd met een ethisch dilemma wanneer ze samenkomen om over het lot van de moordenaar te beslissen. Ze moeten beslissen of ze strikte juridische procedures moeten volgen of het heft in eigen handen moeten nemen om een gevoel van rechtvaardigheid te bereiken dat volgens hen noodzakelijk is.
De roman roept intrigerende vragen op over de complexiteit van de menselijke identiteit, de dubbelzinnigheid van moraliteit en de zoektocht naar waarheid en eerlijkheid.