* De gevaren van oordelen op basis van uiterlijk: Het verhaal laat zien hoe gemakkelijk we door eerste indrukken kunnen worden misleid. De lezer verdenkt, net als de politie, in eerste instantie de onschuldige Charles McCarthy op basis van zijn ruige uiterlijk en het feit dat hij ruzie had met zijn vader.
* Het belang van het zoeken naar waarheid en gerechtigheid: Het verhaal benadrukt de noodzaak om verder te kijken dan oppervlakkige oordelen en je te verdiepen in de waarheid, hoe ongemakkelijk of lastig die ook mag zijn. Het methodische onderzoek van Holmes onthult de echte schuldige en laat zien dat gerechtigheid niet kan worden bereikt door middel van aannames.
* De gevolgen van hebzucht en egoïsme: Het verhaal laat zien hoe ongecontroleerde hebzucht en egoïsme tot verwoestende gevolgen kunnen leiden. De moord, gedreven door een verlangen naar erfenis, onderstreept de vernietigende kracht van hebzucht.
* De kwetsbaarheid van menselijke relaties: Het verhaal onderzoekt de complexe en vaak gespannen relaties tussen vaders en zonen. De spanning tussen Charles en zijn vader, culminerend in een tragedie, toont de kwetsbaarheid van familiebanden.
* Het belang van kritisch denken en observeren: Het succes van Holmes bij het oplossen van het mysterie ligt in zijn vermogen om details nauwgezet te observeren en bewijsmateriaal te analyseren. Hij moedigt de lezer aan om kritisch na te denken en de schijn niet op het eerste gezicht te accepteren.
Uiteindelijk herinnert het Boscombe Valley Mystery eraan dat schijn bedriegt en dat ware gerechtigheid zorgvuldig onderzoek vereist en de bereidheid om aannames in twijfel te trekken. Het onderstreept het belang van het zoeken naar waarheid en gerechtigheid, zelfs als dat ongemakkelijk is, en de gevolgen van het toestaan dat hebzucht en egoïsme ons oordeel vertroebelen.