* Harry Potter, de jonge tovenaar, die het goede vertegenwoordigt: Hij heeft de taak Heer Voldemort ervan te weerhouden de Tovenaarssteen te verkrijgen, een krachtig magisch artefact dat onsterfelijkheid en enorme macht zou verlenen.
* Heer Voldemort, de Heer van het Duister, die het kwaad vertegenwoordigt: Hij is geobsedeerd door het herwinnen van zijn verloren lichaam en macht, en ziet de Tovenaarssteen als de sleutel om dit te bereiken.
Dit centrale conflict wordt verder gecompliceerd door:
* De bedreiging voor Zweinstein en de tovenaarswereld: Voldemorts zoektocht naar de Steen brengt de hele magische gemeenschap in gevaar, aangezien hij een meedogenloze en destructieve kracht is.
* Harry's persoonlijke strijd: Hij moet in het reine komen met zijn eigen magische vermogens en de waarheid over de dood van zijn ouders en zijn connectie met Voldemort onder ogen zien.
* De interne strijd van andere personages: Personages als Sneep, Perkamentus en zelfs Ron en Hermelien worstelen met hun eigen interne conflicten en motivaties, waardoor het verhaal complexer wordt.
Het conflict in Harry Potter en de Steen der Wijzen wordt opgelost wanneer Harry, met de hulp van zijn vrienden, Voldemort verslaat en hem ervan weerhoudt de Steen te bemachtigen. Deze overwinning maakt van Harry een held en vormt de basis voor zijn toekomstige gevechten tegen de krachten van de duisternis.