In Shrek the Third staan Shrek en Fiona op het punt ouders te worden. Voordat ze zich echter kunnen settelen, worden ze onderbroken door een boodschapper van Far Far Away. De boodschapper deelt hen mee dat koning Harold is overleden en dat Shrek de volgende in de rij voor de troon is.
Shrek aarzelt om de rol van koning op zich te nemen, maar uiteindelijk gaat hij akkoord. Hij, Fiona en Donkey vertrekken naar Far Far Away, waar ze door de burgers met vijandigheid worden ontvangen. Ze worden ook geconfronteerd met Prince Charming, die vastbesloten is het koninkrijk voor zichzelf over te nemen.
Met de hulp van zijn vrienden kan Shrek Prince Charming verslaan en het koninkrijk redden. Hij leert ook dat hij een goede vader is en dat hij een goede koning kan zijn.
Naast de hoofdverhaallijn bevat Shrek the Third ook een aantal subplots. Deze subplots omvatten de avonturen van Donkey en de gelaarsde kat, evenals de pogingen van de boze heks om haar echtgenoot, Lord Farquad, weer tot leven te wekken.
Shrek the Third is een leuke en vermakelijke film die fans van de Shrek-serie zeker zal plezieren. Het is een verhaal over familie, vriendschap en het belang van trouw zijn aan jezelf.