* De Shorttimers (1990) :Hij speelt een personage genaamd "The Captain" in deze zwarte komedie over een groep soldaten gestationeerd in de Filippijnen.
* Dracula van Bram Stoker (1992) :Hij speelt de rol van Renfield, de geestelijk gestoorde patiënt van graaf Dracula. Dit was voor hem een prominentere rol.
* De ballade van Little Jo (1993) :Hij portretteert een mysterieus personage genaamd "The Preacher" in dit westerse drama.
* Mysterieuze mannen (1999) :Hij heeft een cameo-rol als "The Sweeper" in deze superheldenkomedie.
* Grote vis (2003) :Hij speelt "The Witch" in de fantasiefilm van Tim Burton.
Het is vermeldenswaard dat Tom Waits vooral bekend staat om zijn muziekcarrière, en dat hij slechts in een paar films is verschenen. Hij heeft de neiging om rollen te kiezen die donker, excentriek of anderszins onconventioneel zijn.