* De dualiteit van de menselijke natuur: Dit is het meest prominente thema. De roman onderzoekt het inherente conflict tussen goed en kwaad binnen elk individu. Jekyll vertegenwoordigt de respectabele, goedbedoelde kant van de menselijke natuur, terwijl Hyde de duistere, primaire driften belichaamt die onder de oppervlakte op de loer liggen.
* De gevaren van het onderdrukken van iemands ware aard: Door te proberen zijn duistere impulsen te onderdrukken, laat Jekyll ze uiteindelijk los in de vorm van Hyde. Het verhaal suggereert dat het ontkennen of onderdrukken van delen van jezelf destructief kan zijn.
* De kracht van de wetenschap en haar potentieel voor misbruik: Jekylls experimenten met het transformeren in Hyde vertegenwoordigen de hoogmoed van de wetenschap, het idee dat mensen voor God kunnen spelen en met de natuur kunnen knoeien. Het verhaal waarschuwt tegen het ongecontroleerd najagen van kennis en de potentieel schadelijke gevolgen ervan.
* De gevolgen van zonde en verlossing: Hyde's daden vertegenwoordigen de gevolgen van het zich overgeven aan kwade verlangens. Het verhaal onderzoekt ook de mogelijkheid van verlossing, terwijl Jekyll probeert boete te doen voor zijn daden en uiteindelijk de gevolgen van zijn keuzes onder ogen ziet.
* De aard van identiteit: Jekylls transformatie in Hyde roept vragen op over de aard van identiteit. Is identiteit vast of vloeibaar? Kan iemand zich werkelijk losmaken van de duistere aspecten van zijn persoonlijkheid?
* Sociale hypocrisie en Victoriaanse moraal: De roman bekritiseert de rigide morele code van de Victoriaanse samenleving en de hypocrisie die daar vaak aan ten grondslag ligt. Jekylls transformatie naar Hyde legt de duistere onderstromen bloot die onder de oppervlakte van een ogenschijnlijk respectabele samenleving bestaan.
Dit zijn slechts enkele van de belangrijkste thema's die worden onderzocht in "Dr. Jekyll en Mr. Hyde." De roman blijft resoneren met de lezers omdat het zich verdiept in tijdloze vragen over de menselijke natuur, moraliteit en de complexe relatie tussen goed en kwaad.