- Slecht zeemanschap: Drake's vroege reizen werden gekenmerkt door slecht zeemanschap en roekeloze beslissingen, wat leidde tot het verlies van verschillende schepen en bemanningsleden.
- Gebrek aan ervaring: Drake had weinig ervaring met het leiden van een grote vloot schepen, en zijn bemanningen waren vaak onervaren en ongedisciplineerd.
- Slecht weer: Drake's reizen werden vaak geplaagd door slecht weer, waaronder stormen en mist, wat navigatie en zeilen gevaarlijk maakte.
- Ziekte: Ziekte vormde een constante bedreiging voor Drake's bemanningen, en veel matrozen stierven aan scheurbuik, dysenterie en andere ziekten.
- Vijandige inboorlingen: Drake kwam in veel delen van de wereld vijandige inheemse stammen tegen, en hij werd vaak gedwongen te vechten om zijn schepen en bemanningen te verdedigen.
- Spaanse oorlogsschepen: De Spanjaarden waren Drake's belangrijkste vijand en ze stuurden verschillende oorlogsschepen om hem op te sporen en zijn vloot te vernietigen.